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皮質(zhì)主要負責(zé)運動的加工（如運動計劃），而皮質(zhì)下區(qū)域負責(zé)動作完成，因而，皮質(zhì)下區(qū)域的損傷也會造成運動障礙。
小腦對達成運動目標(biāo)有重要的作用，體現(xiàn)在其對主動肌及拮抗肌的時間安排上：當(dāng)個體想要通過運動達到目標(biāo)時，主動肌爆發(fā)，拮抗肌被抑制，而抵達目標(biāo)后，不需要再運動，拮抗肌的抑制被解除。換個角度看，預(yù)期（如預(yù)期刺激何時會到來）和時間控制（肌肉的激活與抑制的時間序列）對協(xié)調(diào)運動來說是非常關(guān)鍵的。此外，小腦蚓部對涉及軸向肌肉（控制身體軀干的肌肉）的協(xié)調(diào)功能尤為重要，這一區(qū)域?qū)凭淖饔糜绕涿舾小?/span>
之前學(xué)到，基底神經(jīng)節(jié)由五個核團組成：尾狀核、殼核、蒼白球、丘腦底核及黑質(zhì)，幾乎所有的傳入神經(jīng)都止于尾狀核和殼核（二者被合稱為紋狀體）?；咨窠?jīng)節(jié)的解剖結(jié)構(gòu)非常復(fù)雜：黑質(zhì)致密部會通過不同的受體激活（多巴胺受體D1）或是抑制（多巴胺受體D2）紋狀體；紋狀體可以直接抑制蒼白球內(nèi)側(cè)部分和黑質(zhì)網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)的部分（以下簡稱二者為“核團”），也可以通過蒼白球外側(cè)部分和丘腦底核輸出到核團（復(fù)雜的加工過程如下：紋狀體抑制蒼白球外側(cè)部分，蒼白球外側(cè)部分會抑制丘腦底核和核團，而丘腦底核又會興奮核團；核團會抑制丘腦，丘腦會興奮皮質(zhì)。也就是說，蒼白球外側(cè)部分如果被紋狀體抑制，則其對丘腦底核和核團的抑制減弱，且丘腦底核對核團的興奮增加，核團興奮性增加意味著對丘腦的抑制增強，丘腦對皮質(zhì)的興奮減弱，可能會導(dǎo)致缺失主動運動的障礙）。
基底神經(jīng)節(jié)能夠幫助各種運動計劃協(xié)調(diào)沖突，在未選定出的運動計劃前，能夠保持皮質(zhì)表征激活而不引起肌肉活動，隨著計劃的篩選，基底神經(jīng)節(jié)會減弱特定的神經(jīng)元的抑制，使運動計劃被執(zhí)行。